Die Finanzmittel der Stiftung fließen aus verschiedenen Quellen. Neben den Erträgen aus dem Stiftungsvermögen stehen als Einnahmequellen Zuschüsse aus dem Landeshaushalt, Mittel aus der Privatlotterie GlücksSpirale sowie die naturschutzrechtliche Ersatzzahlung (früher Ausgleichsabgabe) zur Verfügung.

Geldauflagen aus Bußgeld- und Strafverfahren sowie Zinserträge stellen einen weiteren, wenn auch kleinen Anteil am Haushaltsvolumen dar.

Mittels Spende und Zustiftung hat jeder Einzelne die Möglichkeit, die Arbeit der Stiftung Naturschutzfonds direkt zu unterstützen und einen wichtigen Beitrag zum Umwelt- und Naturschutz in Baden-Württemberg zu leisten.